江陰華東水處理有限公司表示，反滲透系統運行一段時間后，反滲透膜元件可能會受到給水中存在的懸浮物或難溶鹽的污染，這些污染中常見的是碳酸鈣、硫酸鈣、金屬(鐵、錳、銅、鎳、鋁等)氧化物、硅沉積物、無機或有機混合物、天然有機物質、合成有機物、微生物(藻類、霉菌、真菌)等污染。

污染性質和污染速度取決于各種因素：如給水水質和系統回收率。通常污染是漸進發展的，如不盡早控制，污染將會在相對較短的時間內損壞膜元件。當膜元件確認已被污染，或在長期停機之前，或是作為定期日常維護，都需對膜元件進行清洗。